Bueno, les dejo el comandito que uso para convertir archivos a flv este es con el mencoder de mac, pero estimo que funcionará con linux.
mencoder -forceidx -lavfopts i_certify_that_my_video_stream_does_not_use_b_frames -of lavf -ffourcc FLV1 -oac mp3lame -lameopts abr:br=56 -srate 22050 -ovc lavc -lavcopts vcodec=flv:vbitrate=250:mbd=2:mv0:trell:v4mv:cbp:last_pred=3 -o salida.flv entrada.dv
Saludos 😉